Znawcy twórczości św. Teresy obliczyli, że słowo zdrowie pojawia się w jej dziełach prawie cztery razy częściej (394) niż choroba (103). W jej listach stale powraca temat zdrowia: „czuję się zdrowsza niż zwykle. Niech dobry Bóg obdarzy zdrowiem ciało i duszę Waszmości, Amen”. W innym z listów zapewnia: „czuję się lepiej, chciałam powiedzieć zupełnie dobrze, bo jeśli nie boli mnie nic ponad to co zwykle, mogę mówić, że jestem zupełnie zdrowa”. Dzięki badaniom naukowców wiemy, że w ułamkach sekund nasze ciało reaguje w określony sposób na myśli, jakie rodzą się nam w głowie. Jeśli nasze myśli skupiają się właśnie na zdrowiu, czujemy się lepiej. Z drugiej strony choroba może się wzmóc, jeśli stanowi dla nas główny punkt odniesienia. Naukowcy zalecają zatem, by myśleć raczej o zdrowiu, niż chorobie, co właśnie czyniła św. Teresa. Z tego punktu widzenia, choroby możemy uznać za pewne epizody w życiu reformatorki Karmelu – życiu tak przecież bogatym w rozmaite wydarzenia i wyzwania. Czasami te epizody przeciągały się w czasie – to prawda. Jednak ona, czując się Bożym stworzeniem powołanym do konkretnych zadań, skupiała się raczej na powrocie do zdrowia, niż cierpieniu podczas choroby. Swoim adresatom Teresa poleca dbać o zdrowie: „Proszę pilnować swego zdrowia. Nie chciałabym, by za ten Pański trud i nieprzespane noce przyszło kiedyś zapłacić”.
Już podczas pobytu w klasztorze Matki Bożej Łaskawej Teresa cierpiała na różne dolegliwości, z powodu których wróciła do rodzinnego domu. W 1535 roku Teresa przekroczyła bramę klasztoru Wcielenia. Zmiana trybu życia odbiła się na samopoczuciu. Osłabiły ją zadawane sobie pokuty. Kiedy pewnego dnia roku 1538 Alonso Sanchez przyszedł w odwiedziny do klasztoru, widok córki przeraził go na tyle, że postanowił udać się z nią do lekarzy w Awili. Wobec dolegliwości trapiących Teresę byli jednak bezradni. Nie było wiadomo, na co właściwie cierpi. Może nam się dziś wydawać, że ówczesna medycyna nie mogła stać na wysokim poziomie. A jednak studia medyczne trwały wówczas trzy lata: czytano dzieła starożytnych greckich lekarzy, Hippokratesa i Galena, jak również pisma arabskiego uczonego Awicenny. Studenci musieli przejść przez trudne egzaminy. Ojciec zdecydował się na desperacki krok: zwrócił się po pomoc do słynnej w okolicy znachorki zamieszkującej Becedas, miejscowość odległą od Awili o około 80 kilometrów. Czy nie dziwi fakt, że głęboko wierzący Alonso Sanchez powierzył swą córkę w ręce jakiejś, w naszym mniemaniu, szarlatanki? Kościół w ówczesnej Hiszpanii patrzył przez palce na praktyki znachorskie, o ile ich adepci nie wzywali pomocy sił piekielnych. Autor traktatu pod tytułem Krytyka Zabobonów i Czarów, Piotr Ciruelo podkreśla, że wobec wierzeń prostego ludu należy okazać więcej wyrozumiałości. Takie zdanie miała również Święta Inkwizycja; kuracje ziołowe były dopuszczalne, mikstury na bazie gołębi, jaszczurek, żółwi wzbudzały jednak podejrzenia.
Decyzja Alonso Sancheza dowodzi zatem, jak bardzo zależało mu na ocaleniu swojej ukochanej córki. Zielarka z Becedas rozpoczęła swą kurację, polegającą na piciu mikstur o silnym działaniu przeczyszczającym. Dodatkiem do naparów były sproszkowane skrzydła much i odchody węży. Jak łatwo można przewidzieć, kuracja nie przyniosła pożądanych efektów, nie dość tego, stan Teresy wyraźnie się pogorszył. W Księdze Życiawspomina: „[…] kuracja była za gwałtowna na siły moje. Po dwóch miesiącach z powodu leków życie już prawie ze mnie uchodziło. Cierpienia sercowe, z których miano mię tam wyleczyć, wzmogły się znacznie, sprawiając mi ból coraz bardziej dojmujący! Często miałam takie uczucie, jakby mię kto ostrymi kłami za nie chwytał, tak iż obawiano się o moją przytomność. Obok wielkiej utraty sił (bo skutkiem ciągłych nudności nic nie mogłam jeść i tylko płyny przyjmowałam), przy nieustannej gorączce i zupełnym wycieńczeniu skutkiem środków przeczyszczających, które mi przez cały miesiąc co dzień zadawano, tak miałam wnętrzności spalone […]”.
Wobec braku pozytywnych efektów ojciec podjął decyzję o przerwaniu kuracji i powrocie do Awili. Lekarze z miasta postawili straszliwą diagnozę: gruźlica, stan beznadziejny. 15 sierpnia 1539 Teresa przeżyła najcięższą noc w życiu: „Tejże nocy wpadłam w paroksyzm, skutkiem którego cztery dni bez mała leżałam całkiem bez czucia”. Teresa nie zdradzała oznak życia, najbliższe otoczenie było przekonane, że odeszła. Ciało przyszłej świętej owinięte zostało w całun, na drzwiach domu zawisł żałobny kir. W epoce Teresy pogrzeb musiał się odbyć w okresie do 24 godzin od śmierci; a jednak Alonso Sanchez wyraźnie się temu sprzeciwił: „nikt nie będzie grzebał tego dziecka”. Brat Teresy Wawrzyniec pewnej nocy miał czuwać przy jej trumnie. Jednakże po pewnym czasie się zdrzemnął, a od trzymanej przez niego świecy, zapaliły się rękawy habitu Teresy, która odzyskała przytomność. Mimo to wciąż była w stanie bardzo ciężkim: nie mogła jeść, ani się ruszać. Dopiero w 1542 roku podjęła na nowo życie we wspólnocie klasztornej. Niestety przebyta choroba pozostawiła swoje ślady na całe życie: częściowy paraliż lewej ręki, częste przeziębienia, migrenę, gorączkę, ból gardła, wątroby, nerki, żołądka, serca.
Niektórzy współcześni badacze w schorzeniach Teresy dopatrują się histerii, ewentualnie infekcji gruźliczej z powikłaniami w systemie nerwowym. Jak celnie zauważa Luis Jorge Gonzalez, naukowcy ci pomijają oczywiste dowody na pełną sprawność umysłową, skupiając się do przesady na jej dolegliwościach. Warto też wspomnieć, że sama Teresa nie jest typem cierpiętnicy, często przecież kpi sobie ze swoich chorób. Udowadnia też, że potrafi odróżnić swoje własne wyobrażenia od nadprzyrodzonych wizji.
Święta Teresa starała się dbać o zdrowie. Bardzo wysoko stawiała higienę: „Na miłość Boską, proszę, by Czcigodny Ojciec utrzymywał w czystości prycze i obrusy na stołach, choćby koszty były duże. Straszną jest rzeczą zaniedbać te sprawy”.Zalecała też zdrową dietę: „jedzenie, które trafia do żołądka, daje siłę głowie i całemu ciału”.Według Teresy człowiek powinien spać przynajmniej sześć godzin. Widzimy zatem, że święta nie szuka na siłę cierpienia, ale właśnie dba o zdrowie: nie tyle dla samej siebie, ile raczej dla bliźnich.